Con efectos 14-9-2014 se establece la plena compatibilidad entre la bonificación en la cotización a la Seguridad Social del personal investigador con la aplicación de deducción por I+D e IT para las PYMES intensivas en I+D+i (RD 475/2014 art.6.2), reconocidas como tal mediante el sello oficial de «PYME innovadora», y que figuren en el Registro que, a tal efecto, gestionará el Ministerio de Economía y Competitividad.
Para el resto de las empresas o entidades la bonificación es compatible con la deducción por I+D e IT siempre que no se aplique sobre el mismo investigador. En tales supuestos, las empresas pueden optar por aplicar la bonificación en la cotización a la Seguridad Social respecto del personal investigador (RD 475/2014 art.2), o una deducción por los costes de dicho personal en los proyectos en los que participe y en los que realice actividades de I+D e IT amparadas en la deducción del IS.
Así, es compatible por una misma empresa y en un mismo proyecto, la aplicación de bonificaciones sobre investigadores junto con la de deducciones por otros investigadores por los que la empresa, en su caso, desee aplicar la deducción.
También se establece que la AEAT puede controlar que se cumplen las condiciones exigidas para la compatibilidad de las bonificaciones con las deducciones fiscales.
Finalmente, para los sujetos pasivos sometidos a legislación foral, las referencias contenidas a la LIS, deben entenderse realizadas a la deducción y procedimientos que para las actividades de I+D e IT se contengan en la correspondiente normativa foral, y las referencias a la AEAT deben entenderse efectuadas al órgano equivalente del territorio foral correspondiente.
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