Según el art.IV.1.B del Acuerdo entre el Estado Español y la Santa Sede de 3-1-1979, sobre asuntos económicos, la Conferencia Episcopal, las diócesis, las parroquias y otras circunscripciones territoriales, las órdenes y congregaciones religiosas y los institutos de vida consagrada y sus provincias y sus casas tienen derecho a exención total y permanente de los impuestos reales o de producto, sobre la renta y sobre el patrimonio. Sin embargo, esta exención no alcanza a los rendimientos que puedan obtener por el ejercicio de explotaciones económicas ni a los derivados de su patrimonio, cuando su uso se halle cedido.
Cuando se firmó el Acuerdo no existía el ICIO, pero el Tribunal Supremo estableció posteriormente que esta exención le era de aplicación, dado el carácter real del mismo (TS 19-3-01; 31-3-01; 3-10-03).
Basándose en la sentencia del Tribunal de Justicia de la Unión Europea en la que, a raíz de una cuestión prejudicial planteada, se pronunció sobre si esta exención es contraria al Tratado de Funcionamiento de la Unión Europea art.107.1 (TJUE 27-6-17, asunto C-74/16), y en la posterior sentencia del juzgado de lo contencioso-administrativo que presentó la cuestión prejudicial, aplicando la doctrina de la sentencia del TJUE (JCA Madrid núm 4, 8-1-18), la DGT señala lo siguiente respecto a esta exención:
a) Las construcciones, instalaciones u obras realizadas en inmuebles que se destinen a:
1. Una finalidad estrictamente religiosa o a la enseñanza incluida en el régimen de concierto educativo, respecto de las que tenga la condición de contribuyente del ICIO alguna de las entidades de la Iglesia Católica enumeradas en el art.IV.1 del citado Acuerdo, están exentas de este Impuesto, dado que estos destinos no tienen la consideración de actividad económica.
Dicha exención también se extiende a los inmuebles destinados a actividades complementarias de la enseñanza concertada, como pueden ser las actividades extraescolares, el transporte de alumnos o la restauración.
2. La enseñanza privada no están exentas, ya que dicha actividad sí constituye una actividad económica, en el sentido de que el objetivo perseguido por el centro de enseñanza privada consiste en ofrecer un servicio a cambio de una remuneración.
b) Cuando un mismo centro educativo ofrezca enseñanza acogida al régimen de concierto educativo y enseñanza privada, la exención se ha de aplicar parcialmente en la proporción que corresponda a la enseñanza concertada, dado que se considera que dicho centro ejerce, al mismo tiempo, diversas actividades, no económicas y económicas, respectivamente.
Con independencia de que la normativa contable o la normativa del IS establezca o no la obligación de llevar una contabilidad separada para las actividades de enseñanza concertada y de enseñanza no concertada, dicho requisito es exigido por la sentencia del TJUE y se estima necesario, con el fin de evitar el riesgo de subvención de las actividades que tienen la consideración de económicas.
c) Respecto al criterio más idóneo para determinar con respecto a las construcciones, instalaciones u obras realizadas en inmuebles destinados a un uso mixto (actividad económica y no económica) qué porcentaje de la cuota del ICIO quedaría o no amparado por la exención, los dos criterios propuestos (uno basado en el número de unidades escolares y el otro basado en el número de metros cuadrados de espacio utilizado) son razonables, sin que proceda pronunciarse a priori y de forma general para todos los casos sobre la prevalencia de uno sobre otro, o la posibilidad de utilizar algún otro criterio razonable de reparto.
La valoración de la prueba en cada caso concreto corresponde a los órganos administrativos encargados de la gestión del Impuesto y, posteriormente, a los órganos administrativos o judiciales competentes para la revisión en vía administrativa o judicial, respectivamente.
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