En relación con el fondo de comercio financiero generado en la adquisición de participaciones en entidades no residentes inicialmente la interpretación administrativa consideró que sólo podía deducirse respecto de las adquisiciones de participaciones de forma directa (DGT 4-10-02; CV 10-3-05; CV 10-11-06). No obstante esta interpretación fue modificada en el sentido de que la deducción del fondo de comercio se podía aplicar tanto a filiales de primer nivel como posteriores (DGT CV 21-3-12; CV 26-10-12; TEAC 26-6-12).
Sin embargo la Comisión Europea consideró que la aplicación de la deducción del fondo de comercio financiero de entidades no residentes a las adquisiciones de participaciones indirectas podía suponer una nueva ayuda estatal, por lo que decidió incoar el pertinente procedimiento, que ha concluido con la siguiente Decisión:
a) La interpretación administrativa adoptada por el Reino de España que amplía el ámbito de aplicación del fondo de comercio financiero, con el fin de abarcar las adquisiciones indirectas de participaciones en sociedades no residentes a través de una adquisición directa de participaciones en sociedades holding no residentes, es incompatible con el mercado interior.
b) El Reino de España debe poner fin al régimen de ayudas de la letra a) anterior, en lo que se refiere a las ayudas concedidas a los beneficiarios al realizar adquisiciones indirectas de participaciones de sociedades no residentes a través de la adquisición directa de participaciones de sociedades holding, en la medida en que sea incompatible con el mercado común.
Asimismo por un lado debe proceder a la recuperación de los beneficiarios de la ayuda incompatible concedida, que devenga intereses, y por otro lado debe cancelar todos los pagos pendientes de la ayuda concedida con efectos desde la fecha de adopción de la presente Decisión.
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