Se declaran zonas especiales de conservación los lugares de importancia comunitaria que se enumeran a continuación, quedando incluidos en el Inventario de espacios naturales protegidos de Andalucía y en el Registro de la Red de Espacios Naturales Protegidos de Andalucía (D Andalucía 95/2003), considerándose estas zonas como espacio protegido Red Natura 2000 (según la L 42/2007 art.41).
| Cabo de Gata-Níjar | Parque Natural Cabo de Gata-Níjar |
| Sierra María-Los Vélez | Parque Natural Los Alcornocales |
| Bahía de Cádiz | Parque Natural Sierra de Hornachuelos |
| Sierra de Cardeña y Montoro | Parque Natural Sierra de Cardeña y Montoro |
| Sierra Subbética | Parque Natural Sierras Subbéticas |
| Sierra de Baza | Parque Natural Sierra de Baza |
| Sierra de Castril | Parque Natural Sierra de Castril |
| Sierra de Huétor | Parque Natural Sierra de Huétor |
| Sierra de Aracena y Picos de Aroche | Parque Natural Sierra de Aracena y Picos de Aroche |
| Doñana | Espacio natural de Doñana |
| Sierras de Andújar | Parque Natural Sierra de Andújar |
| Sierra Mágina | Parque Natural Sierra Mágina |
| Sierra Norte | Parque Natural Sierra Norte de Sevilla |
| Sierra Nevada | Lagunas del Sur de Córdoba |
| Sierra Nevada | Espacio Natural de Sierra Nevada |
| Lagunas del Sur de Córdoba | Reserva natural Laguna de Zóñar |
| Reserva natural Laguna Amarga | |
| Reserva Natural Laguna de Tíscar | |
| Reserva Natural Laguna de los Jarales | |
| Reserva Natural Laguna del Rincón | |
| Reserva Natural Laguna del Conde o Salobral |
Estas zonas se rigen por la normativa declarativa de la misma, el D Andalucía 15/2011, la L 42/2007 y la L 7/2007, con independencia de la clasificación urbanística del suelo.
Se considera plan de gestión para las zonas especiales de conservación todas las directrices de conservación de la Red Natura 2000, los planes de ordenación de los recursos naturales y los planes rectores de uso y gestión de los espacios naturales protegidos correspondientes, así como el D Andalucía 15/2011 que regula las actuaciones, usos y aprovechamientos que afecten a especies y tipos de hábitats presentes en estas zonas.
La enumeración de estas zonas especiales de conservación contiene una descripción y fijación de los límites de las mismas, así como de las zonas de especial protección para las aves de la red ecológica europea Natura 2000, declaradas lugares de importancia comunitaria de la región biogeográfica mediterránea:
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